بازتاب كمبود بودجه دانشگاههاي علوم پزشكي در عدم پرداخت حقوق اساتيد و كاركنان دانشگاهها نمود پيدا مي كند و در اين ميان اين كاهش بودجه نيز براي خود علتي دارد.
در سالجاري هر يك از دانشگاه ها و دستگاه ها براي پرداخت حقوق استادان و كاركنان دانشگاهيان، بخشي از بودجه خود را به وزارت اقتصاد و دارايي واگذار كرده اند و اين وزارتخانه هر ماه از طريق آن بودجه حقوق ها را پرداخت مي كنند.
امابا تمام اين تفاسير در ماه هاي پاياني سال شاهد تأخير در پرداخت حقوق هاي استادان و اعضاي كاركنان دانشگاه ها هستيم. دانشگاه پزشكي هم از اين قضيه مستثني نيست و درحال حاضر حدود چندماهي مي شود كه حقوق استادان اين دانشگاه به تعويق افتاده است البته اين اتفاق جديدي نيست بلكه هر ساله شاهد اين اتفاق هستيم و يكي از دلايل آن عدم برنامه ريزي درست و زمان بندي شده است.
دانشگاههاي علوم پزشكي از دو بودجه برخوردار است. بودجه خود دانشگاه و بودجه اي كه دولت در اختيار دانشگاه قرار مي دهد. بودجه دولت كاملا مشخص بوده و مي توان بر اساس مقدار آن برنامه ريزي كرد اما متأسفانه بودجه خود دانشگاه مشخص نيست زيرا دانشگاه اين بخش از بودجه را از طريق درآمدزايي در بيمارستان، داروخانه، آزمايشگاه ها بدست مي آورند و درابتدا پيش بيني هاي نادرستي از محل درآمدزايي خود مي كنند كه در پايان سال متوجه تحقق نيافتن پيش بيني ها شده و نتيجه امر برابر با كسري اعتبارات دانشگاه مي شود. راه كارهاي لازم براي مقابله با كسري اعتبارات هرساله توزيع بودجه در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي به اين صورت بوده كه براي هر بخش رديف بودجه اي را اختصاص مي دادند و اين امر به ضرر بخش هايي مي شودكه با كسري بودجه مواجه هستند و براي تأمين بودجه نمي توانند از بودجه بخش ديگري استفاده كنند.
اين مشكل موجب شد تا بر اساس تصميم گيريهاي صورت گرفته ،در سال87 توزيع بودجه تغيير كرده و كل بودجه مربوط به وزارت بهداشت كه محل تأمين بودجه دانشگاه هاي علوم پزشكي است به وزير بهداشت، درمان و آموزش پزشكي واگذار مي شود و هر بخشي كه نياز به بودجه بيشتري داشته باشد، تزريق بودجه مي شود.
به هرحال مي توان با برنامه ريزي مناسب و صحيح بتوان از كسري بودجه در دانشگاه ها جلوگيري كرد.
به عبارت ديگر از اين پس بوده دانشگاهها با نظر وزير بهداشت درمان و آموزش پزشكي تامين مي شود و به اين ترتيب راهكار بهتري براي جبران كسري بودجه فراهم آيد.